Migren botoksu tedavisinde küçük iğneler kullanılmaktadır. Botoks uygulaması baş ağrısına neden olan şakaklar, alın, boyundaki belirli kaslar ve baş arkasına enjekte edilir. Botoks enjekte edildiği bölgedeki sinir uçlarına etki ederek ağrı iletiminde rol oynayan kimyasalların etkisini engellemektedir.